AQISは、すべての輸出向け食肉加工場に、HACCPをベースとしAQISが承認したシステムの開発と実施を義務付けています。このようなシステムは最低でも以下に説明する食肉安全品質保証プログラム(MSQA)に相当するものでなければなりません。更に食肉加工場はオーストラリア規格(AS)の下でも、健全な経営と生産慣行およびHACCP実施を支えるために、承認プログラムを開発、実施することが求められています。