AQISが開発した食肉衛生評価(MHA)は連邦政府監督下の加工場に対して義務化されている制度で、工程の監視と製品の監視の二段階からなっています。

製品の監視では、枝肉、内臓、カートン肉の顕微鏡レベルでの汚染を評価し、糞尿、摂取物、ミルクについてはゼロ容認を採用しています。工程の監視では、と畜、内臓処理、解体段階での作業を評価します。MHAを通した製品及び工程モニタリングは、加工場内に不適合があるかどうか、追加訓練の必要な作業員がいるかどうかを特定する手段ともなります。これらの結果を受けて、改善措置および再発予防措置が取られます。

これらの制度は、オーストラリアが永年にわたって採用してきた厳しい食肉検査および残留検査システムを補完するもので、オーストラリアの牛・羊肉製品の高い基準を支えしています。