輸出先の国が政府による認定を要求する場合、輸出向け食肉加工場はAQISによる監督・監査を受けます。AQISの食肉検査官は個々の枝肉処理施設などにおいて作業を監督します。それに加えて、AQISのエリアチームマネージャー(ATM)とAQIS検証部の監査官が輸出向け食肉加工場として登録している全加工場に対して監査を行います。