輸出用食肉の出荷準備が出来た段階で、加工場はオンラインでAQIS衛生証明書の要請を出します。AQIS衛生証明書は、輸出用食肉加工の登録をした加工場によって生産された食肉が、AQISの規制に適合していることと輸入国の要求事項を満たしていることを宣言します。

衛生証明書の中には、輸出元、輸入元、加工場、ボーニングルーム、数量などを含む内容の詳細、コンテナ市場及び番号、船名または航空機名、積載港と陸揚港の港名といった情報が記載されています。衛生証明書に記された情報はAQISの中央データベースにも保管されます。輸入国は陸揚港の港で税関手続きをする際にこのAQIS衛生証明書を必要とします。