雖然澳洲的動物衛生系統通常都是在國家層級進行協調合作，不過管制這些系統的卻通常都是州和領地。

澳洲聯邦政府對於動物衛生管制措施及動物疾病根除計劃向極關注，並負責政策、協調州及領地，以及採取策略性方法，以確保對能國際規定負起責任；州政府和領地政府則負責這些政策的執行。負責的州政府部門有：

• NSW Department of Primary Industries  新南威爾斯首要產業部
• NSW Department of Environment and Conservation  新南威爾斯環境及保育部
• Department of Business, Industry and Resource Development  工商業及資源開發部
• Department of Primary Industries and Fisheries  首要產業及漁業部
• Primary Industries and Resources  首要產業及資源局
• Department of Primary Industries, Water and Environment  首要產業、水及環境部
• Department of Primary Industries  首要產業部
• Department of Agriculture  農業部

管轄的範圍有化學殘留物之管理、牧場對外來及地方性動物疾病之管制、動物識別，以及動物福利。